云澳镇云盖寺是南澳岛最早的禅林、县文物保护单位，位于云澳城中。据史料记载，云盖寺建于宋代，原名“三宝寺”，明季海盗交讧而荡然，后重建而易今名，是南澳八景之一，寺下数村自古被称为“云盖寺”（今称“云澳”）《东里志·疆域志》载曰：“云盖寺在南澳之东南，宋时所建，石上有‘紫云华盖’四字”。明朝时，因云盖寺遐迩闻名，故也成为寺下数村地域总称，后才简称为“云澳”至今。
就明朝陈天资《东里志》等史书记载而言，最早佛门就是创自宋朝的云盖寺（原称三宝寺，明重修时易名）。它已于1992年8月15日由县政府公布为第二批文物保护单位。自1985年起历经16载，由住持释通教尼师艰苦备尝，募资重建扩大，于2001年10月5日落成开光。